综合配套
地上“车库”、可拆卸楼梯
众多窨子中，有间窨子虽有20余平方米大小，但却无烟熏的痕迹，也没有土炕等设施。延安大学历史文化学院院长、专门从事陕北历史研究的教授张小兵推断，这间窨子是议事厅，功能就相当现在的会议室。有的窨子高度明显矮一些，同样没有烟熏的痕迹。张小兵分析说，这很可能是仓库。
更惊奇的是，这个悬在半空的窨子群内，竟然设有马厩，马厩是套间，可以看到凿刻的马槽，从20余平方米的面积和两个2米长的马槽来看，可以养4至6匹马。马匹是当时的代步工具，这间窨子当然就是现在的车库了。只不过，现代社区的车库建在地下，而这里的马厩则建在最高处。
在窨子群一侧有一条通道，连接着一处山涧，显然是取水之用。只不过，这处山涧早已干涸。连接窨子群的秘密就是外部岩壁上下密密麻麻排列的两行孔穴，将一根根木棍插入小孔，形成支撑面，再铺上木板，就是可拆卸的简易楼梯，人可以在上面行走、串门。
人防工程
瞭望孔、逃生秘道、天然护城河
窨子的主要功能还是用于躲避战火和匪乱，祖师山上的这处窨子群也是一处人防工程。每个窨子都有长宽均约30厘米的方形孔。专家分析，这些方孔是瞭望孔，视野很开阔，可以将整个杏河川道尽收眼底。窨子群西侧还发现一个人工凿刻的秘密通道，张小兵教授分析，这是条逃生秘道，一旦窨子失守，可以从此秘道逃往后山。
窨子群选址一般依山傍水，除了依托险峻的山势，还要凭借河水作为一道防御屏障。现在的窨子群下方是淤泥经年累积形成的耕地，而在窨子群建造的那个时代，山崖的下方是杏河的大河奔流，构筑成天然护城河。张小兵推测说：“要想上窨子，需先放下过河吊桥。后经守卫引至通道，攀岩而上，方可至窨子群内部。”
张小兵教授说：“既然窨子是用来躲避战乱和匪患的一种避难场所，一般都会建造在比较隐秘的地段，并且大多是三两相连，可祖师山上的这座窨子群，却偏偏反其道而行之，不但将60余孔窨子建在一起，而且选择建造在祖师山，与古代途经此处的官道相邻，两者之间仅隔一条杏河，很容易被发现。”
张小兵说，这处窨子群如此招摇，与其说躲避匪患，不如说是武力威慑。应该说，窨子仍以防御为主，只不过这处窨子规模大、人员多，也有震慑对方的功能。
■待解之谜
如此浩大工程怎样做到？
祖师山窨子群这一令人惊叹的古代建筑工程，目前还留下很多未解之谜。
年代之谜 建造时间无法确定
这座大型“房地产项目”，目前还无法确定建造年代。当地传说，这座窨子群是唐僧取经时凿建的。而居住在窨子群附近78岁的村民杨柸富说，这座窨子群至少有上百年的历史了，“在我还是娃娃时，就听我爷爷说，在他小时候为了躲避土匪，家人曾带他在里面住过。”
张小兵教授则表示，根据他们的实地考察，初步分析这座窨子群不应该是近代的产物，它的建造年代可能是明朝以前。不过，“根据窨子四壁的烟熏痕迹判断，它或许在民国时期还有人使用。”
“开发商”之谜 三名门望族联合建造？
规模如此巨大的窨子群的建造，单靠一两个家庭是无法完成的。那么，其究竟是政府行为还是民间自筹呢？杨柸富老人说，他曾听村上老一辈人讲过，这座窨子群是由在当地财力雄厚的张家、刘家和另一户名门望族联合建造的。张小兵教授也基本认同杨柸富的这一说法。
据张小兵介绍，民国以前的陕北，多由地方豪强实际控制，官方为了更好地掌控这一地区，往往会册封地方豪强一定的官衔，由其代为管理地区事务。由此可以推断，建造如此规模的窨子群，只能是当地的一些财力雄厚的亦官亦民的名门望族。至于建造窨子群所需要的资金，张小兵认为，很难界定，有可能是民间财力，也有可能是官方财力。至于开凿窨子所需的人力，这些亦官亦民的名门望族，有钱有权，可以随时招募当地百姓做劳力。
建造之谜 即便在现代也是难题
然而，即便是不差钱、不缺人，要在悬崖绝壁上完成如此浩大的工程，放在今天都难以想象，古人是如何做到的呢？而建成后，遇到紧急情况，数百人的队伍如何在短时间进入窨子，包括马匹、物资是如何运上悬崖的？古人是如何解决当时的人流和物流难题呢？这成为现代人难以破解的谜。
